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El topillo de Cabrera es una especie catalogada como vulnerable de acuerdo con el Catálogo Regional de Especies Amenazadas de Castilla la Mancha. Por ello es conveniente tener en cuenta la regulación de una serie de factores y actividades que afectan a su supervivencia de forma negativa.

La principal problemática del topillo de Cabrera en el Parque Natural del Alto Tajo son los estrictos requerimientos ecológicos que presenta, tanto a nivel alimenticio como de hábitat. Necesitan de lugares con alimento verde durante todo el año, destacando los rodales de pastizal o juncos ligados a afloramiento de acuíferos estacionales y lugares con condiciones de gran humedad. Los ambientes tipo suelen ser juncales con claros de pasto y con vegetación herbácea de gran cobertura. También se localizan en olmedas y fresnedas, carrascales, quejigares e incluso robledales y rebollares; siempre y cuando haya herbazales altos y densos. Las colonias de esta especie suelen situarse entre los 500 y 1200 metros de altitud y durante las épocas de sequía suelen refugiarse en zonas de zarzas y plantas leñosas como las retamas. Esta especie también puede sufrir problemas reproductivos por falta de precipitaciones.

Los principales problemas que presenta esta especie son:

1. Aislamiento:

Estos requerimientos hacen que el topillo de Cabrera sufra aislamiento y que sus poblaciones sean de pequeño tamaño. Pese a ello el Parque Natural del Alto Tajo presenta las condiciones idóneas para la conservación de esta especie, gracias a sus bosques de ribera y valles fluviales, a la altitud y situación del mismo lo que le caracteriza por tener zonas más frescas y húmedas y también por sus precipitaciones moderadas a lo largo del año.

2. Pequeño tamaño de las poblaciones:

Las colonias de topillo de Cabrera son generalmente reducidas (su extensión raramente supera los 2000 m2) y están sometidas a fluctuaciones estacionales muy bruscas. En primavera, coincidiendo con el mayor periodo de crecimiento de la vegetación, es el momento más favorable para la actividad de esta especie, junto con el otoño cuando se dan las lluvias otoñales y el rebrote de la vegetación. Mientras que en verano e invierno las actividades de esta especie se reducen notablemente y pueden llegar a paralizarse por completo. Esto explicaría el pequeño tamaño de las poblaciones como consecuencia de mortalidades o periodos de reposo (estivación).

Sin embargo, gracias a las condiciones climáticas del Alto Tajo caracterizadas por su inviernos rigurosos y fríos y los veranos cortos y suavizados por la altitud y la presencia de cursos de agua, impiden que las fluctuaciones estacionales afectan de forma tan brusca al tamaño de las poblaciones de topillo.

3. Dependencia de hábitats húmedos:

Como consecuencia de su necesidad de alimento fresco el topillo de Cabrera se presenta en zonas de transición entre los climas típicamente mediterráneos y los nemorales (sin o con poca sequía estival) y en las que haya unas buenas condiciones de humedad del suelo que permitan que la hierba se agote de forma tardía. Por ello las colonias de topillo suelen encontrarse ligadas a zonas con manantiales, pequeños arroyos estacionales, depresiones, surgencias de agua freática, etc. En el entorno del Parque Natural del Alto Tajo encuentran la vegetación y zonas húmedas necesarias para su supervivencia.

4. Descenso de la diversidad genética:

Las colonias de topillo de Cabrera al estar aisladas y ser sus poblaciones de pequeño tamaño darían lugar a que la diversidad genética descendiera y ésto a su vez causaría una depresión endogámica. Al originarse cruces entre individuos emparentados estos sufrirían una mayor mortalidad y se reduciría la fecundidad.

Las principales amenazas que sufre esta especie son:

1. Incendios que amenazan a sus colonias.

2. Ampliación de las superficies de cultivo.

3. Sobrepastoreo.

4. Vertidos de escombros y basuras.

5. Aumento de los núcleos urbanos.