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Las minicentrales hidraúlicas en España acumulaban 1749 MW a finales de 2004, la comunidad autónoma con mayor representación era Castilla y León con 263 MW, seguida de Cataluña, Galicia, Andalucía y Aragón.

Cada comunidad autónoma y cada minicentral tiene una serie de estrategias de implantación de las centrales y solución de los problemas. Algunos ejemplos de actuaciones llevadas a cabo son:
 * En otros lugares de la zona de estudio (Alto Tajo) se instalaron limnígrafos para medir las variaciones de caudal a la salida de la presa con el fin de garantizar un caudal mínimo.
 * En Cataluña, en el río Llobregat, hay un problema grave debido a que no se respeta el caudal ecológico en ninguna de las numerosas minicentrales eléctricas, la Administración puede reducir el volumen de la concesión al propietario de la minicentral para mantener el caudal ecológico.

También son aplicables medidas de revegetación ya que son talados árboles para la instalación de estos sistemas de obtención de energía provocando así pérdida de diversidad y además pérdida de suelo y también la revegetación proporciona una mayor integración paisajística del sistema haciendo que el impacto visual sea menor.
 * En cantabria, en el río Besaya, se instaló una minicentral eléctrica y en ella se situó una barrera sónica para evitar la entrada de los peces en la toma de agua y una reja para con ambas cosas mantener a la fauna piscícola alejada.
 * En Galicia se impulsa la instalación de medidores automáticos del caudal del agua junto a las minicentrales hidráulicas. Para calcular el caudal ecológico, se emplea el método de la Metodología Incremental, que permite modelizar los cambios en el hábitat en función de la variación del caudal. Éste metodo también se emplea en otras comunidades como Castilla y León, Cantabria y Asturias.
 * En La Rioja, la minicentral hidroeléctrica El Barco, fue una de las primeras centrales hidráulicas en implantar un sistema de gestión ambiental siguiendo la norma ISO 14001. Desde el inicio de las obras de su construcción se han realizado estudios de seguimiento y vigilancia ambiental, con el fin de asegurar una mejora continua en relación a los impactos medioambientales producidos.
 * En Murcia, (en el término municipal de Calasparra en la provincia de Murcia) se conduce el agua del río Segura desde la presa de Rotas hasta la minicentral hidroeléctrica, para aprovechar en la producción de energía y abastecer de regadíos, ya que fue construida en la acequia de Berberín de la que se adquiría el agua de regadío. La toma de la central se hace a través de un canal que, para evitar su efecto barrera existen varios pasos superiores con barandillas, escaleras y rampas para animales.
 * En ríos de Estados Unidos, Francia y Cantabria, como casos más extremos, se ha procedido al desmantelamiento de minicentrales, con lo que se ha conseguido un incremento en la fauna piscícola.

(Estos son algunos ejemplos de actuaciones llevadas a cabo en distintas comunidades autónomas.)